顺治十八年（1661年），郑成功收复台湾的时候，其在大陆的军队已经全面退守金厦地区，清军对此已然是望尘莫及。
此时大清王朝已经基本实现了天下的一统，而其主要依靠的是陆上军事力量，也就是所谓的“马上得天下”，但是就海战而言，完全不能与郑成功的军队相提并论。
郑成功的父亲郑芝龙本就是海盗出身，后来归降了了明朝，这才将海盗变为了明朝的正规海军部队，而郑成功在其父亲归降清朝后，继续拉起杆子康熙清朝，靠的也是这批老底子，可以说郑成功的军队都是长期战斗生活在海上，早已熟悉了海上的环境。与此同时，郑成功在收复台湾之前，长期与盘踞在台湾的荷兰殖民者进行着贸易往来，其中也包括武器上的买卖，其装备的水平可以说在当时世界上都是名列前茅的。
而大清纵横天下，饮马长江，靠的是陆上的战斗力，包括当时战斗力彪悍的八旗铁骑，但是就水战而言，清朝的军队可以说完全不在行，一是缺乏精通水战的将领，二是缺少熟悉海战的士兵，三是更加没有与郑成功相匹敌的船只装备。
在这样的情况下，清军在面对郑成功的海上力量是，完全没有得胜的可能。
顺治十六年（1659年）之前，郑成功多次击败清军，即便是清军有着投降而来的施琅的指挥，也是先后三次败给了郑成功，反而是让郑成功不断袭扰大清王朝的东南沿海地区。之后，尽管郑成功在北伐南京的战争中失败，也是因为孤军深入，过度的与清军对抗陆上力量，没有扬长避短所致，在海上，依旧保持了对于清朝军队的绝对优势。
所以，此时留守在金夏，由郑成功的儿子郑经所领导的这支军队，依然是清朝无法逾越的鸿沟，也成为了郑成功身后的一道屏障，使其可以放心大胆的前去攻打荷兰殖民者，而不用担心清朝军队的趁火打劫。
此时大清王朝面对的敌人不仅仅只有一个郑成功，可以说，此时的清朝朝堂之上，根本不上去处理郑成功的问题。
这个时期的清朝，首先需要面对的是遍布南方各地的残存抵抗力量。
在西南地区，包括云南、贵州、四川甚至是缅甸境内，南明最后一个政权即永历政权的残余已经同张献忠的大西政权残部进行了汇合，由孙可望统一指挥，威胁着清朝对于西南地区的统治；在湖北、四川交界的长江三峡地区，李自成大顺政权的残余夔东十三家依然没有被彻底消灭；为以郑成功为首的郑氏集团，依然控制着福建的台澎金夏，正在积极筹备准备收复台湾，并且与南明的永历政权形成掎角之势，直接威胁江南地区。
此时的吴三桂已经带兵攻入缅甸，迫使缅甸国王交出了南明永历皇帝，平定西南地区，彻底消灭南明势力才是当时清朝军事战略的中心。
除了这些抵抗力量和反清政权外，清朝还要面对日益激化的民族矛盾和社会矛盾。
自多尔衮推行圈地令、剃发令、投充法、逃人法、禁关令、屠城令等“六大弊政”以来，满汉矛盾开始变得异常尖锐。与此同时这个时期以明末清初三大思想家黄宗羲、顾炎武、王夫之为代表的部分汉族地主阶级和士大夫阶层对于清朝统治的抵制和排斥也越来越严重。这些问题的产生更是直接威胁到了王朝统治的根基。
而在外部反抗的越来越激烈的同时，大清王朝的内部也出现了非常严重的问题。
多尔衮专政时期，为了快速的实现清朝对于全国的统治，实行了对于明朝官员全盘接收的政策，这就使得自明朝中后期开始在官场上弥漫的贪腐之风非但没有得到根除，反而是愈演愈烈，不仅明朝的官员贪腐照旧，就连原本“单纯正直”的满洲、蒙古官员也迅速堕落。并且在多尔衮时期是满汉官员并座设官，使得清朝初年的官员队伍变得异常的臃肿和庞大，不仅办事效率极为低下，还给国家财政带来了沉重的负担。
更为致命的是，整个国家经过多年的战乱已经是民生凋敝、满目疮痍，百姓的生活条件极为艰苦，而清朝的财政状况也面临着巨大的危机，崇祯朝时期政府财政勉强可以破千万两白银，而在顺治末年，由于南方地区政局的动荡和人口的剧减，使得国库每年的收入只有八九百万两，朝廷处于严重的入不敷出的状态。
在此情况之下，大清王朝可以说是没有精力，也没有能力处理郑氏集团，也不可能去趁火打劫，这也给郑成功能够顺利收复台湾创造了条件。
康熙二十二年（1683年），大清王朝终于收复台湾。
郑成功收复台湾的时候，清朝也正处在有顺治朝向康熙朝过渡时期，之后便进入了“鳌拜专政”时期，而鳌拜提出了“刀枪入库、马放南山”，中止的全国一切大规模的军事行动，武力收复台湾也就此中断。
鳌拜倒台之后，爆发了以吴三桂为首的“三藩之乱”，期间康熙皇帝几度希望和平解决台湾问题，但均遭到了台湾郑氏集团的拒绝，最终康熙皇帝下定决心，以武力解决台湾问题。
与此同时，正式集团经历了郑成功和郑经死后的两次内斗，势力受到了极大的损耗，同时内部矛盾也是愈发激化。康熙看准时机，于康熙二十二年（1683年）派施琅征讨台湾，此时大清朝的海上力量经过多年的发展，已经超过了郑氏集团，施琅也在在澎湖大败刘国轩所率领的郑氏海军。
最终，郑成功的孙子的郑克塽率众投降，至此，台湾正式为清朝收复。