实行“一照一码”登记的市场主体注销时，需先进行清税申报，向税务机关填报《清税申报表》，税务机关在结清应纳税款、多退(免)税款、滞纳金和罚款，缴销发票和相关证件后，向纳税人出具《清税证明》。其具体操作流程如下。
网上办理流程：
1.纳税人已通过电子税务局提交资料，税务人员通过税源管理平台查阅相关资料;按照以下情况分别办理：(1)纳税人提交资料齐全、符合法定形式的，受理申请。(2)纳税人提交资料不齐全或不符合法定形式的，制作《税务事项通知书》(补正通知)，一次性告知纳税人需补正的内容。(3)依法不属于本机关职权或本业务受理范围的，制作《税务事项通知书》(不予受理通知)，告知纳税人不予受理的原因。
2.办税服务厅人员出具清税证明
(1)纳税人已办结所有税务事项的，出具《清税证明》;
(2)纳税人存在以下情形的，通知其存在未结事宜：
①纳税人存在未申报、欠税信息;
②纳税人存在未验旧的发票;
③土地增值税纳税人未完成土地增值税清算;
④企业所得税纳税人未完成企业所得税清算;
⑤纳税人存在多缴(包括预缴、应退未退)税款;
⑥纳税人存在未结报的税收票证;
⑦纳税人存在其他应结未结事项。
3. 税务机关确认纳税人结清应纳税款、多退(免)税款、滞纳金和罚款，缴销发票和相关证件后，向纳税人出具《清税证明》，提示其凭税务机关开具的《清税证明》办理工商登记注销。
窗口办理流程：
1.纳税人已通过电子税务局提交资料，税务人员通过税源管理平台查阅相关资料;纳税人未通过电子税务局提交过资料，税务人员在办税服务厅前台查阅纳税人提交的纸质资料。按照以下情况分别办理：(1)纳税人提交资料齐全、符合法定形式的，受理申请。(2)纳税人提交资料不齐全或不符合法定形式的，制作《税务事项通知书》(补正通知)，一次性告知纳税人需补正的内容。(3)依法不属于本机关职权或本业务受理范围的，制作《税务事项通知书》(不予受理通知)，告知纳税人不予受理的原因。
2.办税服务厅人员出具清税证明
(1)纳税人已办结所有税务事项的，出具《清税证明》;
(2)纳税人存在以下情形的，通知其存在未结事宜：
①纳税人存在未申报、欠税信息;
②纳税人存在未验旧的发票;
③土地增值税纳税人未完成土地增值税清算;
④企业所得税纳税人未完成企业所得税清算;
⑤纳税人存在多缴(包括预缴、应退未退)税款;
⑥纳税人存在未结报的税收票证;
⑦纳税人存在其他应结未结事项。
3. 税务机关确认纳税人结清应纳税款、多退(免)税款、滞纳金和罚款，缴销发票和相关证件后，向纳税人出具《清税证明》，提示其凭税务机关开具的《清税证明》办理工商登记注销。